国防部确实喊话过菲律宾。针对菲律宾在南海问题上的挑衅行为，国防部曾明确表示，中国对南海诸岛及其附近海域拥有无可争辩的主权，战区部队时刻保持高度戒备，坚决捍卫国家主权安全和南海地区和平稳定。双方应该通过对话和协商解决分歧和争端，共同维护南海的和平与稳定。

中国国防部曾就菲律宾挑衅行为做出回应，警告菲律宾不要挑衅滋事，否则将采取必要措施维护自身主权和安全利益，中国也强调，愿意通过对话和协商解决与菲律宾之间的分歧和争议，维护两国关系的稳定和发展，国防部喊话菲律宾是真实存在的，旨在维护国家的领土完整和主权安全。